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如何自己做群体遗传进化、GWAS、BSA分析?

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avatar 发表于 2022-5-20 14:29:42 | 显示全部楼层 |阅读模式

  高通量测序技术的发展使得群体研究在分子层面大大拓展开来,遗传分析遗传进化和性状关联分析已成为群体研究的热点。但委托测序公司进行数据分析,使得科研人员对分析结果的理解不够深入,反复的沟通让项目周期大大延长,同时分析费用也十分昂贵。

  其实通过科学、系统的学习,你也可以掌握群体测序数据的自主分析!

  下面我们就来简单介绍下基于高通量测序技术的群体研究中最常用到的三种方法—— 遗传进化分析、GWAS分析、BSA分析,以及如何进行自主分析。

  遗传进化分析

  在不同生存条件下的同一物种会因为自然选择、人工驯化、遗传漂变等形成不同的亚种或亚群,群体遗传进化研究就是用来追溯和解析这个过程的研究方法。

  基于全基因组重测序技术或其他测序技术获得某物种自然群体各亚群的基因组信息,得到大量的SNP、InDel、SV和CNV等变异信息,就可以研究群体的 遗传结构、驯化机制、种群历史以及群体进化动态等生物学问题。

  GWAS分析

  全基因组关联分析(genome wide association study, GWAS) 是利用全基因组范围内筛选出的高密度分子标记对所研究的群体进行扫描, 使用扫描得到的 分子标记数据与表型性状之间进行关联分析的方法。

  GWAS的出现为全面、系统地研究基因组学掀开了新的一页, 在医学中已经利用该方法鉴定出大量与人类复杂疾病或数量性状相关的遗传变异, 成为研究人类基因组学的关键手段。而在动植物基因组中GWAS也取得了良好的应用效果, 应用GWAS发掘动植物复杂数量性状基因、为分子育种提供依据已成为基因组学研究的热点。


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