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基因测序迎来新变革,ISS技术或将开启空间功能基因组学?

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avatar 发表于 2022-3-18 16:36:07 | 显示全部楼层 |阅读模式
  原位测序 (ISS) 是一种新方法,通过该方法直接在固定组织或细胞样品的切片中对 mRNA 进行测序。原位测序原理关键是测序信息与其位置之间的联系—在一些情况下,测序方法是亚细胞位置。这与传统测序不同,后者在将样本从内源环境中移除后分析样本,从而丢失位置信息。
  ISS由斯德哥尔摩大学开发,可同时量化数百个 mRNA 转录本,并以单细胞分辨率在空间上解析它们。该方法使用四种荧光染料来指示核酸碱基、 RNA 挂锁探针和催化在挂锁探针位置形成环化 DNA 的酶,这种机制称为滚环扩增。使用成像技术读取产生的荧光 DNA。
  全基因组测序
  空间检测技术
  斯德哥尔摩大学研究的新的测序方法,称为原位测序 ( HybISS )。与以前的 ISS 方法一样,HybISS 使用挂锁探针的滚环放大。HybISS原位测序除了具有较大的灵活性和多路复用性外,还提高了空间检测的灵敏度。
  HybISS原位测序可用于为细胞图谱项目创建全面的空间参考地图。然而,建立完整的器官或组织的完整基因表达谱仍然需要大量时间,这对于研究器官/组织图谱是必不可少的。
  原位测序原理与应用
  除了不同类型的肿瘤外,Cartana 已将这种生物技术用于小鼠和人类的至少 12 种组织类型,主要作用是识别组织内的免疫细胞。例如,如果通过这种技术可以绘制和识别肿瘤中的免疫细胞,那么您就可以查看肿瘤的浸润情况并评估免疫反应的程度,这也是一个热门应用.

  与靶向 ISS 方法相比,荧光原位测序 ( FISSEQ ) 的非靶向方法也被开发应用。生物科学家曾进行过多种不同版本的原位单细胞测序进行开发,包括 RNA、基因组 DNA、病毒 RNA 和条形码的靶向分析针对蛋白质的抗体。

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